加工区入境货物的减免税政策基本是参照保税区现有政策制定，没有新的优惠。但有以下几个方面的区别：
1.在功能上，加工区的功能单一，仅限于产品外销的加工贸易，但区内或设立少量为加工企业生产提供服务的仓储企业以及经海关核准专门从事加工区内货物进出的运输企业。
2.国内原材料、物料等进入加工区视同出口，海关按照以出口货物的有关规定办理报关手续，并签发出口退税报关单。区外企业凭报关单出口退税联及有关凭证向税务部门办理出口退（免）税手续。
3.对加工区运往区外的货物，海关按照对进口货物的有关规定办理报关手续，并按制成品征税。
4.国家对区内加工出口的产品和应税劳务免征增值税、消费税。
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